① 易发生实物仓管不知数的情况，出现账实不符时查对困难。

② 仓管员与制单员之间日常单据交接、对账和盘点时很容易出现争吵现象，加大管理难度。

③ 对于规模较小的仓库，需要增加一个人来做单据录入和表单处理，进而增加人工成本。

④ 由于分开人管物和管账，回单及时、入账及时要求更高，否则容易产生库存数据滞后和失效。

整体来说，账实分离还是利大于弊的，可为绝大多数仓库采用，但实行账实分离的同时亦必须有一套配套的工作来支持，如下4点：

① 制定并逐步完善科学可行的流程、明确的职责范围及规范的制度要求来支持账实分离操作，避免管实物的人与管账的人相互之间扯皮，也避免仓库与其他部门之间出现纠纷；

② 设计可简单填录的库存电子手工账（操作简单，略懂电脑的即可使用），让实物仓管按要求及时录入（如仓库条件许可，可用现场物料卡代替电子手工账），避免出现实物仓管不知数现象。

同时，按仓库性质，在盘点周期内定期或不定期由制单人员打印系统中的库存明细，由实物仓管进行账账核对，以便及时发现账实异常；

③ 建立日清日结制度，要求当日所有单据当日处理完成，避免库存数据滞后，使即时库存准确有效，更好的为计划、物控、财务等相关部门提供数据支持；

④ 合理分工，优化人员，使仓管人员整体编制人数不变，不增加整体人工成本，对于小企业本来仓管少的、仓库事务不多的，实物仓管和账务仓管都可由人兼任。

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